es.wedoany.com Noticia: Merck & Co. ha firmado un acuerdo de colaboración y licencia para el descubrimiento de múltiples dianas con Protillion Biosciences, una empresa de diseño de fármacos basada en inteligencia artificial, con el objetivo de utilizar el método "lab-in-the-loop" de Protillion y su plataforma de descubrimiento de anticuerpos en chip Prot-MaP™ para identificar varios candidatos terapéuticos novedosos. Según el acuerdo, Merck pagará a Protillion un anticipo no revelado, así como pagos por hitos de investigación, desarrollo y comerciales de hasta 510 millones de dólares.

Esta colaboración busca combinar la experiencia de Merck en el descubrimiento de nuevas terapias a nivel global con la plataforma Prot-MaP de Protillion. Prot-MaP, abreviatura de "Protein Display on a Massively Parallel Array" (Visualización de Proteínas en una Matriz Masivamente Paralela), realiza un análisis cuantitativo de bibliotecas de proteínas mediante un bucle de retroalimentación continua entre la IA y datos experimentales de laboratorio húmedo, caracterizando millones de variantes por ejecución para evitar el sobreajuste del modelo. Según Protillion, este método puede identificar productos biológicos optimizados con propiedades terapéuticas complejas, como la eliminación dependiente del pH y la especificidad multidiana, difíciles de lograr con métodos tradicionales. La plataforma genera decenas de millones de grupos de proteínas inmovilizadas directamente en el flujo de secuenciación de ADN de Illumina mediante transcripción y traducción in situ eficientes y conectadas.

Prot-MaP fue inventado por Curtis Layton, CEO y cofundador de Protillion, y el Dr. Will Greenleaf, cofundador y profesor de genética en la Facultad de Medicina de la Universidad de Stanford, miembro del consejo asesor científico de Protillion. Layton obtuvo su doctorado en biología computacional en la Universidad de Duke y luego trabajó como investigador postdoctoral en el Departamento de Genética de la Facultad de Medicina de Stanford bajo la supervisión de Greenleaf. Layton desarrolló Prot-MaP en el laboratorio de Greenleaf y posteriormente fundó Protillion en 2019 para comercializar la tecnología. Su trabajo ha creado un nuevo método de alto rendimiento para sondear sistemas bioquímicos, integrando ingeniería de proteínas, tecnologías de secuenciación de próxima generación, biología molecular, transcripción y traducción in vitro, biología computacional, desarrollo de software y diversas disciplinas de ingeniería.

El Dr. Robert Hollingsworth, director científico de Protillion, explicó a Genetic Engineering & Biotechnology News (GEN) que la plataforma Prot-MaP puede probar simultáneamente millones de interacciones proteicas, generando grandes cantidades de datos en días en lugar de meses. La plataforma conecta pruebas de proteínas de alto rendimiento con modelos de aprendizaje automático propietarios para identificar rápidamente candidatos a fármacos prometedores, comprender sus mecanismos de acción y diseñar versiones mejoradas. Prot-MaP puede probar hasta 1 millón de variantes de proteínas en un solo experimento y generar resultados en 48 horas. El Dr. Hollingsworth cuenta con más de 30 años de experiencia en biofarmacéutica, habiendo sido director científico de Shoreline Therapeutics y ocupado cargos en Pfizer (como vicepresidente y director científico de vacunas contra el cáncer e inmunoterapia), Pharmacia & Upjohn (posteriormente fusionada con Pfizer), GlaxoSmithKline (GSK) y MedImmune (adquirida por AstraZeneca).

Protillion indicó que su estrategia difiere de la mayoría de las empresas, ya que no depende principalmente de la predicción computacional de estructuras proteicas, sino que genera directamente datos funcionales a gran escala e identifica los mejores candidatos terapéuticos basándose en resultados experimentales reales. Al generar millones de mediciones de proteínas en paralelo, la plataforma crea los conjuntos de datos necesarios para entrenar modelos de aprendizaje automático más potentes. Según Layton, Protillion y Merck ya han trazado una hoja de ruta para el inicio de la colaboración, y los dos primeros proyectos se centrarán en el área de enfermedades inflamatorias. Layton señaló que las capacidades de la plataforma Prot-MaP no se limitan a la inflamación, sino que pueden descubrir y desarrollar nuevos productos biológicos en una amplia gama de áreas terapéuticas, expandiéndose a otras enfermedades en el futuro.

En los últimos meses, Merck ha iniciado varias colaboraciones centradas en tecnología para complementar sus líneas de oncología e inmunología, en respuesta a la expiración de las patentes de sus medicamentos estrella (incluyendo Keytruda® y Gardasil® 9) en Estados Unidos y otras regiones. En marzo, Merck firmó una colaboración con Quotient Therapeutics por valor de hasta 2200 millones de dólares para aplicar su plataforma de genómica somática en el descubrimiento de nuevas dianas farmacológicas para la enfermedad inflamatoria intestinal (EII); ese mismo mes, Merck también inició una colaboración con Infinimmune para el desarrollo de candidatos a anticuerpos utilizando su plataforma de descubrimiento Anthrobody® y el modelo de lenguaje de anticuerpos GLIMPSE™, con pagos por hitos de hasta 838 millones de dólares. Además, Merck ha iniciado colaboraciones con Google Cloud, Tempus AI y la Clínica Mayo.

El Dr. Juan Alvarez, vicepresidente de biología de descubrimiento en los laboratorios de investigación de Merck, declaró en un comunicado que la plataforma de Protillion ofrece una oportunidad convincente y espera colaborar con el equipo para avanzar en estos proyectos. Protillion, con sede en Carlsbad, California, cuenta actualmente con 30 empleados. La empresa indicó que continúa expandiendo su equipo e instalaciones para respaldar su cartera interna y asociaciones estratégicas de alto valor. Illumina Ventures, la rama de capital de riesgo de Illumina, es uno de los inversores de Protillion y co-lideró una ronda de financiación de 18 millones de dólares en 2022 junto con ARCH Venture Partners. Layton afirmó que planea contratar a 6 empleados a tiempo completo adicionales antes de fin de año.

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